Pärast iseseisvuse väljakuulutamist 20. augustil 1991. a käivitus kogu Eestis riigi ülesehitustöö. Iseseisvusaja alguses oli riigi majanduslik olukord vilets. Nõukogude aja pärandusena saadud majandussüsteem oli kokku varisenud, nappis valuutat, toidukaupu, hinnad tõusid taevasse. 1991. a alustati maareformiga – ebaseaduslikult võõrandatud maa tagastati või hüvitati muul viisil endistele omanikele. Kuigi maa anti tagasi, vaibus huvi iseseisvaks põllupidajaks saada pärast esimest vaimustust ja tagastatud maad jäid tihti kasutuseta; puudusid kapital ja oskused. Eestist sai 1991. a Ühinenud Rahvaste Organisatsiooni liige. 1992. a tuli käibele Eesti kroon, võeti vastu põhiseadus, valiti Riigikogu ning presidendiks sai Lennart Meri. 1993. a tõusuteele läinud majandus sai tagasilöögi 1998. a seoses maailmamajanduse halvenemisega ja Venemaa majandusliku kollapsi tõttu. 2000ndate alguses olid Eestis jällegi kiired majandustõusu aastad, mis USAst alguse saanud kriisi tõttu asendusid 2008. a lõpul majanduslangusega. Eesti liitus NATO ja Euroopa Liiduga 2004. a kevadel (Zetterberg, 2009).
Kuna taasiseseisvumisega jäi vallakeskus Hellenurme, on järjest enam elanikke teenindavaid asutused koodunud sinnapoole. Nii suleti Palupera velskripunkt 1999. a, kauplus 2002. a ning postkontor 2006. a. Palupera piirkonda teenindavad erinevad kauplusautod. Valla keskusesse saab Elva suunas mitu korda päevas liinibussiga, kuid Otepääga on ühendus harvem. Rongijaama tähtsus on hääbunud, peamiselt sõidavad Paluperast läbi kaubarongid. Reisirongid käivad paar korda päevas Tartu-Valga liinil ning kohalikud elanikud kasutavad seda võimalust aktiivselt.
Paluperra on jäänud alles põhikool, mida taasiseseisvumise perioodil on oluliselt renoveeritud ning uuendatud on õppevahendeid. 2000. a sai kool ka interneti püsiühenduse. Viimastel aastatel on märgata õpilaste arvu stabiliseerumist 80 juures ja isegi mõningast tõusutendentsi.
Palupera mõis (põhikool) aastal 2010 (Foto: V. Aloel)
Nagu kogu Eestis, hakkas ka Palupera piirkonnas põllumajandus tasapisi hääbuma, kuna väiketaludel oli majanduslikult üha raskem toime tulla. See tingis paljude maade söötijäämise ja võssakasvamise. Praeguseks on olukord natuke paranenud tänu Euroopa Liidu erinevatele põllumajandustoetustele ja ettevõtlikele põllumeestele. Suurimateks tööandjateks piirkonnas on põllumajandusreformi järgselt siiani tegutsev OÜ Palupera-Agro. Põllumajandusega tegelevad piirkonnas siiani ka mitmed talunikud-ettevõtjad. Lisaks on registreeritud ettevõtetena veel Benedictus Grupp OÜ, Moiraks OÜ ja Radafor OÜ. Kohapeal tegutseb veel FIE Taivi Raudsepp Rahvarõivad.
Palupera staadioni drenaaži panek 2000. a
Palupera Pritsikuur aastal 2010
Piirkonna traditsiooniliste ühisürituste korraldamise ja arendustegevuse on enda kanda võtnud meesteühendus MTÜ P-Rühm, kelle peamiseks eestvedajaks on kohalik elanik Kalev Lõhmus. Alates 2005. aastast on renoveeritud Palupera Pritsikuur, mis toimib piirkonna seltsimajana ning avaliku internetipunktina. Traditsiooniliste üritustena peetakse igal aastal jaaniõhtut, erinevaid spordiüritusi (jalgpall, jalgrattamatk jm). Miti ja Astuvere küla läbivad ka Tartu Maratoni sarja rahvarohked üritused. MTÜ Palupera Käsitöökoda plaanib rajada Otepää Tarbijate Ühistu vanasse hoonesse käsitöökoja. Miti külas tegutseb MTÜ Paluveski Loomepaik, mis kujundab endisest Palu veskist spordi- ja kultuurikeskust.
Tänu erinevatele toetusprogrammidele ja Palupera valla toetusele on MTÜ P-Rühma eestvedamisel Paluperas parandatud ka küla välisilmet ja heakorda. 2004. a valmis külas staadion, mille drenaaži paigaldamisel olid abiks ka külaelanikud; 2008. a valmis külas valgustatud kergliiklustee, 2009. a teeäärne puhkekoht külamaja juurde. 2010. a valmis Palu puhkekoht Tartu Maratoni suusatunneli läheduses.
