Umbes 10 500 a. eKr. vabanes Eesti ala jääkoormast ja kui sulamisveed taandusid, hakatati territooriumi asustama. Kuna elatuti peamiselt jahist ja kalapüügist, siis paiknes asustus peamiselt veekogude ääres. 3200-1800 eKr. hakkas Eesti alal üleminek põlluharimisele ja karjakasvatusele ning sellega seoses laienes asustus sisemaale sh. Kagu-Eesti kõrgustikele. Rauaaja (800-1227. a.) lõpuks oli Eesti ühtlaselt asustatud ning peamiseks elatusallikaks põllumajandus. Põhja-Eestis oli asustus koondunud rohkem küladesse, Lõuna-Eestis domineeris maastikust tulevenalt rohkem hajaasustus. Külades oli keskmiselt 5-10 talu. Tõenäoliselt tunti 13. sajandi algul ka juba rehielamut. Mitu küla moodustasid suurema territoriaalse üksuse, kihelkonna. Olulisele kohale rauaajal tõusis ka kaubandus ning olulisteks kaubandusteede ristumispunktideks kujunesid Tallinn, Tartu, Viljandi, Pärnu ja Otepää. Rauaajal hakkasid eestlased rajama ka muinaslinnuseid, mille rajamisel kasutati tihti ära looduslikke neemi või künkaid (Zetterberg, 2009).
Muinasajal kuulus Palupera piirkond Ugandi maakonda. Kuna Palupera piirkond jäi muinasajal kahe olulise muinaslinnuse Otepää (kroonikates mainitud juba 1116. a.) ja Rõngu vahele, siis tõenäoliselt läbis liikumistee nende kahe keskuse vahel Palupera piirkonda. Seega võib oletada, et selles piirkonnas oli asustus siis ka juba olemas. Vanimad teadaolevad asulakohad piirkonna lähedal on Mägestiku külas, Kõdukülas, Räbis II aastatuhandest. Rahvasuu järgi asus ka kunagise Atra küla servas Sepa talu (Miku-Petruse) maadel kunagi maalinnus (Liin, 2009). Praegu jääb see Rõngu valda Raigaste külla ning on looduses koha järgi üsna hästi kõrgema äratuntav (vt kaart 1). Kuna looduslikult on Palupera mõisa ümbrus madal ja soine, siis tõenäoliselt tekkiski vanem asustus väikeste (keskmiselt 5 talust koosnevate) küladena, nagu Atra ja Astuvere küla, kõrgematele aladele. Kõige hilisema tekkega on Miti, mis kujunes välja Palupera karjamõisana paari viimase aastasaja jooksul.
Igal talul olid põllud küla haritaval maal põllulappidena laiali. Ühel talul võis olla kümneid põllulappe, mis tagas kõigile võrdselt head ja halvemat maad. Maakasutuse ja maksukogumise ühikuks oli juba muinasaja lõpupoole adramaa1 (sks Haken).
