23. augustil 1939. aastal Saksamaa ja Nõukogude Liidu vahel sõlmitud Molotov-Ribbetropi pakt (MRP) asetas Eesti Nõukogude Liidu huvisfääri. Moskva survel lubas Eesti sügisel oma territooriumile Nõukogude Liidu baasid, kuhu paigutati 25 000 Nõukogude sõdurit. 16. juunil 1940 esitas Nõukogude Liit ultimaatumi: Punaarmee peab takistusteta Eestisse sisse saama ja riigis tuleb kehtestada Nõukogude-sõbralik valitsus. Järgmisel päeval okupeeris Punaarmee Eesti, riigis moodustati nukuvalitsus ja mittevabadel valimistel valitud Riigivolikogu kuulutas 21. juulil Eesti nõukogude vabariigiks ning 6. augustil võeti Eesti vastu Nõukogude Liidu koosseisu. Algas Eesti ühiskonna sovetiseerimine, maa ja maavarad kuulutati rahva omandiks ning pangad ja suurtööstus natsionaliseeriti. 14. juunil 1941 viidi läbi ka esimene suurküüditami¬ne, mille käigus viidi oma kodudest “külmale maale” ühtekokku üle 10 000 inimese – eelkõige kõrgeid riigiametnikke, ärimehi, poliitikuid, ohvitsere ja nende pereliikmeid (Zetterberg, 2009). 22. juunil 1941 ründas Saksamaa Nõukogude Liitu ning juba kuu lõpus algasid õhurünnakud Nõukogude Eestis paiknenud baasidesse.
1941. aasta suveks olid tuhanded eesti mehed, tihti koos perekonnaga, põge¬nenud sõjakoleduste, punase terrori, küüditamise ja mobilisatsiooni eest metsa. Mitmetes kohtades kujunesid metsavendadest aktiivsed relvastatud salgad. Kokku võis 350–380 salgas olla 7500–8500 meest. Eriti aktiviseerus metsavendade tegevus juuli alguses 1941, kui sakslased olid lähenemas. Ajaloos on see tuntud Suvesõja nime all. Nad hakkasid täitma Punaarmee taganemisel tekkinud võimutühjust ja moodustasid Omakaitse üksusi, kellega Eestisse tungiv Saksa sõjajõud Wehrmacht koostööd alustas.
1941. aasta suvel võtsid eestlased sakslasi vastu kui Nõukogude terrorist va¬bastajaid. Rahva seas kujunes positiivne kuvand Saksa sõduritest juba esimestel kokkupuudetel nendega, sest võrreldes taganevate punaarmeelastega käitusid sakslased korrektselt, näiteks ostsid taludest pekki ja mune, mitte ei võtnud neid vägivaldselt. Esialgne positiivne hoiak sakslaste suhtes hakkas kaduma, kui sai selgeks, et sakslased käsitlevad Baltimaid mitte endiste iseseisvate riikidena, vaid pelgalt Nõukogude Liidu territooriumi okupeeritud osadena.
1944. aasta alguseks oli olukord Teise Maailmasõja rinnetel otsustavalt muutunud: Saksamaa oli saanud raskete tagasilöökide osaliseks, Venemaa aga lääneliitlaste abil ehitanud üles võimsa sõjamasina (Pajur jt., 2005). Pärast 1943. aasta alguse Saksa armee kaotust Staliningradi all oli Saksamaa rindejoonel taganev ja Nõukogude Liit pealetungiv pool. 1944. aasta jaanuaris tungis Punaarmee Narva jõe – Peipsi järve – Pihkva joonele. Narva rindel toimus veebruarist alates pidev lahingutegevus ja Nõukogude lennukid pommitasid Eesti linnu. Juulis nihkus rindejoon Sinimägedes¬se, kus peeti Eesti ala veriseimaid lahinguid. Kagu-Eestist pealetungiv Punaarmee võttis 11. augustil ära Petseri ja kaks päeva hiljem Võru. Otepää läks Punaarmee kätte 23. augustil. Septembri lõpuks oli kogu Mandri-Eesti Punaarmee käes ning novembri lõpuks ka saared. Kui Saksamaa 1944. aastal lahkus, taastati Nõukogude võim. Eestist läks ära umbes 80 000 pagulast ja ühtekokku olid kaotused elanike arvus – pöördumatud ja ajutised – sõja-aastatel koguni 300 000 inimest ehk neljandik elanike arvust (Zetterberg, 2009).
Helju Lipping (Lippingu talu, Palupera küla) meenutab: ”Ühel ööl seisis Palupera jaamas laskemoona rong ning Saksa lennukid tulid seda pommitama, et takistada venelaste taganemist. Maja värises pommitamisest ning isa ajas meid ruttu majast välja. Vähemalt neli pommi lõhkesid, millest jäid tiigisuurused augud raudtee ümbrusesse. Imekombel ükski maja ja ka laskemoona rong pihta ei saanud. Üks pomm jäi lõhkemata, kuna kukkus sohu. Kohalikud noored poisid otsisid selle üles ning selle abiga tõenäoliselt lasti raudtee hiljem õhku, et takistada hävituspataljoni liikumist Paluperra.”
1941. a juuli alguses ületasid Saksa väed Nõukogude Eesti piiri. Samal ajal oli aga Nõukogude Liit otsustanud moodustada hävituspataljone, mis Stalini 3. juuli raadiokõne kohaselt pidid teostama põletatud maa taktikat. Üks selline hävituspataljon oligi juuli algusest liikumas Valga poolt Paluperra. Palupera jaama oli 5. juuli hommikuks kokku käsutatud palju ümbruskonna hobu- ja mootorveokeid. Tartust saabus sinna umbes 50 ratsamiilitsat. Oodati Valga poolt tulevat hävituspataljoni rongi, mille saabudes pidi algama ümbruskonna külade röövimine ja põletamine. Teel Paluperra oli hävituspataljon juba põlema pannud Sangaste ja Puka jaamahooned.
Helju Lippingu meenutus: ”Tartust hävituspataljoni ootama saadetud ratsamiilitsad üritasid jaamahoonet juba enne hävituspataljoni saabumist põlema panna. Kuna tuld ei olnud mitte millegagi kustutada, siis viskas jaama puhvetipidaja tule peale parasjagu pliidil olnud keeva supi. Sellega õnnestus tal tuli kustutada ning jaamahoone jäi alles.”
Kohalikud metsavennad otsustasid selle rongi koos hävituspataljoni meestega enne Paluperra jõudmist kraavi lasta. Raudteevahtide seersant Herbert Oonal ja Jaan Ilvese juhtimisel pandi lõhkemata Saksa lennukipomm Puka ja Palupera jaama vahel liiprite alla auku ning tehti koos paari taluniku abiga neile lõkke ümber, kuid pommid ei lõhkenud. Siis koguti ümbruskonna taludest umbes 10 kilo püssirohtu ning selle abil õnnestus raudtee kahesajamehelise hävitusrongi nina eest õhku lasta. Tulemuseks oli ligi 5 meetri sügavune ja 7meetrise läbimõõduga kraater, kuhu Valga poolt tulev rong suure kiirusega sisse tormas. Kavandatud külade põletamine jäi ära ja ratsamiilitsad läksid Tartu tagasi. Jaan Ilvese surmasid hävituspataljonlased aga veel samal päeval Palupera jaamas. Hiljem metsavendade tabamiseks korraldatud haarangud ei andnud aga tulemusi (Lindmäe, 1999). Mitmed kohalikud talunikud, kes väidetavalt olid asjaga mingil moel seotud, pidid oma kodudest põgenema, kuna vastasel juhul oleks neid arreteeritud. Peale õnnetust kiskusid punased raudtee kuni Elvani üles (Postimees, 09.07.1942).
Helju Lipping (Lippingu talu, Palupera küla) meenutab: ”Pärast rongiõnnetust läksid ellujäänud hävituspataljoni mehed kohe küla peale laiali süüdlasi otsima. Ähvardati paljusid süütuid inimesi. Nii näiteks sai tollel päeval tööl olnud jaamakorraldaja, kes asjast midagi ei teadnud, kohe 25+5 aastat vangilaagrit. Ka minu isa põgenes selleks suveks Pärnusse sugulaste juurde, kuna käis tihedalt läbi ühe plahvatuses osalenud talumehega.” Pärast punavõimu taastamist 1944. a mitmed asjaga seotud kohalikud elanikud siiski arreteeriti ning surmati või saadeti Siberisse.
Aastatel 1941–1944 kasutasid Saksa sõdurid paljusid Palupera piirkonna talusid oma peatuspaigana. Mõnedest taludest oli ka pererahvas seetõttu sunnitud lahkuma, kuid enamasti said kohalikud sakslastega hästi läbi ning pakkusid neile toitu ja peavarju.
Liivia Suu (Lillevälja talu, Palupera küla): „Saksa ajal olid sõdurid Palupera pargis laagris. Elamiseks oli üle kümne baraki, töökojad, hospidal ja saun. Sakslased ostsid oma toidu ümberkaudsetest taludest. Samal ajal said kohalikud elanikud nende käest karbiiti ja suhkrut. Minu ema käest rentisid nad maad. Sakslastel oli oma aednik ja nad kasvatasid aedvilju seal maa peal. Pärast II maailmasõda lammutati kõik barakid ja muud hooned peale sauna, mis oli kasutusel 1964. a sügiseni.“
Palupera mõis 1944. a
Astrid Lemmats (Pritsu talu, Palupera küla) meeutab: „Sakslased majutasid mõisasse sõjaväeosa ning Pritsu kõrtsi toodi vene sõjavangid. Nende tööks oli kaevata tohutud kartulikuhjad, mida olid täis kõik Pritsu talu põllud kuni Matsi taluni välja. Söök valmistati neile väliköögis, saksa sõdurid käisid vange valvamas ja tööle sundimas.“
1943. aasta oktoobri keskel võtsid taganevad Saksa väed suurema osa Palupera kooli ruumidest oma korteriteks. Kooli kasutada jäeti alumisele korrusele ainult kaks ruumi, mille tõttu õppetöö toimus kahes vahetuses. 14. märtsil 1944 suleti Palupera kool Tartu Maakooli valitsuse otsusega õhuohu tõttu, sest Palupera jaama piirkonda langes 5 pommi (Palupera põhikooli kroonika).
Eda Liini (Sepa talu, Atra küla) meenutus: „Sepa talu maad lõppesid Rõngu suunas mäetaolise moodustisega, mida rahvapärimuse järgi peeti põliseestlaste muldkindluseks. Eesti Vabariigi ajal oli seal triangulatsioonimast, mida sakslased Teise maailmasõja ajal kasutasid lennukite vaatluspunktina. Mina olin torni all kesapõllul lehmade ja lammastega karjas, kui sakslane hakkas tornis kätega vehkima, ikka metsa poole näidates. Kui hakkasin kuulma ”jõuadi”, ”jõuadi”, sain aru, et on tulemas Vene lennukid. Ajasin kiiresti loomad koerte abiga tihedasse kuusetukka, sealt ruttu kodu suunas suurde metsa. Juba kuulsin kuulirahet kesale langemas, mõne minuti pärast puhkes tornis tulekahju. 1944. aasta augustikuus olid Vene väed juba Otepääle jõudnud ja Saksa väed Atramõisa külas positsioonil. Olime rindejoonel, Atramõisa külas liikus ringi nii venelasi kui ka sakslasi. Huvitaval kombel külarahvas ei kartnud sõjaväelasi, käisime vabalt ringi, tegime oma toimetusi. Mõlemalt rinde poolelt – nii sakslastelt kui ka üksikutelt venelastelt – tuli soovitusi kodust ära metsa minna, kuna Sepa talu asus otse kahe tuleliini vahel. Algamas olid suured lahingud ja Atra külarahvas sõitis sõjapakku Pikassilla metsadesse. Metsas sõja eest varjul olime kolm ööd-päeva.
Tagasi tulles leidsime eest Atra küla põlevad taluhooned. Sepa talu õuel olid rehi ja aidad põlenud, elumaja, sigala, karjalaut ja tall olid imekombel tulemöllust pääsenud.”
